截至9月12日，根据校党委《关于召开中国共产党南京医科大学第十六次代表大会的通知》中规定的代表名额、条件和产生办法，各分党委、党总支和直属党支部认真贯彻民主集中制原则，充分发扬民主，采取自下而上、上下结合提名推荐，根据多数人意见确定代表候选人，校党委代表资格审查小组对代表资格进行了认真审查后，各二级单位采用候选人数多于应选人数30%的差额选举办法，以无记名投票方式选举，共选出代表260名。这次代表的选举工作，是根据南医大组[2017]38号文件精神，按全校23个二级党组织划分了23个选举单位进行的。其中，一附院党委是通过党员代表大会选举产生党代表，其余22家单位是通过党员大会选举产生了党代表。
选举产生的260名代表中，各级领导干部97名，占37.3%，在职教工医护员工代表124名，占47.7%，学生代表26名，占10%，离退休代表13名，占5%，女代表101名，占38.8%，50岁以下（1967年7月及以后出生）的代表152名，占58.5%，符合代表构成要求。这次选出的260名代表，绝大多数是在教学、科研、医疗、管理等岗位上较好地发挥了党员先锋模范作用、思想作风正派、清正廉洁，严守党的纪律，能密切联系群众，反映基层意见的党员，具有一定的先进性、代表性和广泛性。